1.過分追求利潤
專業食堂承包公司在經營學校食堂中，過分追求利潤。一般學校食堂包括校園內的學生食堂、教工食堂及經營性接待餐廳等經濟實體，以學生食堂為主體，其主要功能是為廣大師生員工提供伙食服務。學校食堂既具有事業性，又具有企業性的雙重屬性，其工作的宗旨是為教學、科研和師生員工的生活服務。如果經營中，過分追求利潤化，提高價格，會直接導致學生罷餐等等問題，企業品牌逐漸變差。
2.食堂市場意識淡薄
學校食堂除了事業性兼容企業性原則之外，主要還是面向市場化。如果當前政府管理部門、學校、師生對后勤社會化改革缺乏認識，市場化意識淡薄，缺乏監督，這逐漸催生了食堂承包公司對食堂經營中有諸多缺陷。另外食堂供應非學生的唯一就餐地點，如果食堂承包公司不加大投入，最終導致食堂經營難以維持。
3.原材料采購價格的上漲
這種情況，是外界因素導致。近年農產品價格不斷上漲，導致直接成本已遠遠超出了這個水平。學校食堂屬高消耗單位，在物價飛漲的今天，物資采購的完全市場化同學校食堂伙食供應價格行政調控的矛盾，也將導致了學校食堂經營面臨困境。
4.庫存管理制度不健全
庫存管理也是食堂管理中重要的部分。食堂承包制8S管理方法，節約控制成本，做好采購庫存規劃。食堂采購中固定采購商家，加強內部監督和控制，控制采購成本。在材料的庫存管理上，采用一系列的內部監控機制，保證食堂廳月領用的材料、副食品，全部用完，杜絕浪費現象。
5.競爭對手的沖擊
通常學校周邊的社會餐飲業也越來越多，相比之下管理手段靈活、成本低廉，就餐方便快捷，沒有時間限制，很受學生歡迎。這將使得部分具備較高消費能力的學生消費者流失，導至食堂經營單位固定成本增加，影響了學校食堂的效益。
6.食堂缺乏規模效益
學校人數眾多，規模也不斷擴大，食堂硬件條件需要得到提高。硬件設施的改善，也增加了折舊費用。如果在硬件資源配置上，不能有效的共享，硬件設施利用率差，甚至出現設備閑置，存在著浪費現象，缺乏規模效益。也將會導致食堂經營商出現浪費等眾多情況。另外食堂承包公式作為餐飲行業的特殊企業，也需要整體化規模統一化管理。
7.服務質量不高
食堂是餐飲行業，也是服務性行業，需要提高服務意識的宗旨。做好服務，從緩解食堂就餐擁擠，保持整潔有序的就餐環境，在各食堂增設了服務窗口，加大了窗口人員和衛生保潔人員投人，這些方面做起。雖說提搞這些服務，增加費用，但是良好的服務，將會為食堂帶來更多效益。一個死鏈